Политолог, эксперт по вопросам безопасности Н. А. Наматов выделяет следующие причины:

• социальные и экономические кризисы

• разрушение структур политической системы

• падение уровня жизни существенной части населения

• подавление властями инакомыслия и оппозиции, национальное угнетение

• стремление лидеров политических партий и религиозных групп ускорить осуществление своих целей
Кандидат философских наук, доцент кафедры философии, социологии и истории Воронежского государственного технического университета Ю. В. Ахромеева отмечает, что религиозный экстремизм может иметь интеллектуальные, политические, психологически, религиозные, социальные и политические причины. Она указывает, что причины развития и распространения религиозного экстремизма могут «находиться в самом человеке, в его взаимоотношениях с членами семьи, родственниками, может быть обнаружен в противоречиях между внутренним миром экстремиста и окружающим обществом, между верой и поведением, идеалами и реальностью, религией и политикой, словами и поступками, мечтами и фактическими достижениями, светским и божественными». Кроме того причинами религиозного экстремизма могут служить «отсутствие полноценного знания о целях и сути самой религии, правильного понимания её внутренней системы и целей, фанатичная нетерпимость и жестокость, которые заставляют экстремиста слепо следовать исключительно своим собственным предрассудкам и не позволяют принимать во внимание интересы окружающих людей и объективные обстоятельства, стремление к запретам и ограничениям, показная и постоянная чрезмерность в религиозном поведении и тенденция заставить других поступать так же».